传统ChIP-seq与EMSA方法：实验周期长，需细胞培养/抗体开发；灵敏度有限，难以捕捉低表达或低亲和性结合。
结合Hdock与AlphaFold3高通量预测平台，三轮筛选构建核酸–TF互作复合体结构，揭示调控位点与结合机制。
（1）初筛（Hdock）： 多模式对接 + 结合能评分，预选候选互作对（≤ -280 kcal/mol）。
（2）次筛（Hdock）： 二轮能量优化，筛选TOP10结合模型。
（3）高精度建模（AF3）： 构建复合体结构，验证结合界面可信度（pLDDT、iPTM）
高效筛选 + 结构验证，周期缩短至 1–3 天
多模式对接，适配不同TF-DNA互作特性
结构结果可直接用于后续功能验证与分子设计
| 交付项 | 说明 |
| 候选互作对列表 | 包含预测的转录因子（TF）与核酸结合对，标注结合能（ΔG）、特异性评分（如P值）及置信度（pLDDT/iPTM）。 |
| 复合物结构模型 | 高精度TF-DNA/RNA复合物三维结构文件（AF3验证），支持可视化分析。 |
| 结合模式分析报告 | 详细描述结合界面关键残基、氢键/疏水作用网络及动态构象变化（如柔性对接轨迹）。 |
| 多维评分表 | 自由能（ΔG）、构象稳定性（RMSD）、结合特异性（Z-score）等量化指标汇总。 |
| 筛选流程文档 | 完整记录算法参数（Hdock/AlphaFold3）、筛选步骤、验证方法及潜在局限性说明。 |
[1] Abramson, J., Adler, J., Dunger, J. et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold 3. Nature 630, 493–500 (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-024-07487-w
[2] Yan Y , Tao H , He J ,et al.The HDOCK server for integrated protein–protein docking[J].Nature Protocols, 2020, 15(Suppl 25):1-24.DOI:10.1038/s41596-020-0312-x.